כ-15,000 ק"מ של נחלים זורמים במרחב חקלאי ברחבי הארץ. היום אנו מבינים טוב יותר את ההשפעות ההדדיות שבין החקלאות לנחלים, והדבר מהווה הזדמנות לשיקום הנחלים הזורמים בשטחים החקלאיים, מתוך תפיסה אגנית הרואה את הטוב המשותף ודואגת הן לחקלאות והן לנחל.
שיקום של נחל תלויה ביכולת להשיב זרימות שטפוניות, זרימות בסיס ושחרור מעיינות בהתאם למאפייני הנחל.
פגיעה באיכות המים בעקבות גלישות מי קולחין, חלחול דשנים וחומרי הדברה למי תהום, ריסוס בגדות ונקז חקלאי פוגעים במערכת האקולוגית בנחל ויכולים להוות פגיעה בבריאות הציבור
סחיפת קרקעות היא אחת התופעות המאפיינות שטחים חקלאים בעיבוד אינטנסיבי. תופעה זו מובילה לגריעת קרקע באיכות גבוהה לעיבוד בשדה ולהיערמת בנחל וסתימת האפיק במורד.
אי קיום רצועת חיץ בעלת מאפיינים טבעיים בין הנחל למרחב, ו\או שימוש בה כדרך שירות, תגביר את ההשפעות ההדדיות בין החקלאות על הנחל ולהפך, עשוייה לזרז תהליכי סחף וקריסת גדות וכן מהווה מצע להתבססות של מינים פולשים
חסמים בנחל שאינם מאפשרים תפקוד רציף וקישוריות אקולוגיות מונעים קשרים בין בתי גידול, לא מאפשרים זרימה רציפה ותקינה, וחוסמים מעבר נוטריינטים וחומר סחף טבעי