מדריך זה נועד לסייע לפרויקטים של שיקום נחלים במרחבים חקלאיים, מתוך תפיסה שאפשר לשקם תפקודיים טבעיים בנחל ולצד זה גם להיטיב עם המרחב החקלאי שלצידו. לפיכך גישת העבודה שאומצה במדריך מבוססת על התערבות בעצימות נמוכה (Low impact develpoment) מבוססת תהליך ועל ניהול אדפטיבי והתמקדות בשיקום תפקודי הנחל (להרחבה: פרק שיקום תפקודי הנחל).

נחלים הם אחת מהמערכות הטבעיות הדומיננטיות הסובבות אותנו. הם תוצר של תהליכי עיצוב נוף טבעיים (גאומורפולגיים), אך גם של תהליכים אנושיים (הנדסיים), והם משתנים בזמן ובמרחב. אפיקי הזרימה של הנחלים הם בית גידול לח ייחודי, והם משמשים גם כציר המקשר בין אתרים, מוקדי עניין ושבילי טיול ותיור. לצד זאת, מתפקדים אפיקי הנחלים גם כעורקי ניקוז – הם מנקזים את עודפי המים והמשקעים שבאגן ההיקוות ומזרימים אותם למוצא. בישראל למעלה מ-15,000 ק"מ של ערוצי נחלים עוברים בשטחים חקלאיים, שכיום הם נתח מרכזי מהשטחים הפתוחים בישראל. מרחב המפגש בין המערכת החקלאית לבין מערכת הנחל, הכוללת את אפיק הזרימה, הגדות ופשט ההצפה, הוא מרחב מורכב שמאפייניו קשורים לשתי המערכות.

 כדי למקסם את פוטנציאל החקלאות נעשו בעבר עבודות הנדסיות מסוגים שונים לאורך ערוצי הנחלים החוצים את השטחים החקלאיים, בהן יישור ותיעול הנדסי, ביטול נפתולים טבעיים, ניתוק פשטי הצפה, שינוי חתך הנחל ושאיבת מקורות המים. שינויים אלו נעשו מתוך ראייה שהתמקדה בתועלת האדם ולא בנחלים, וגרמו לפגיעה בתפקודיהם הטבעיים, כגון ניקוז מים והסעת סחף, ובמשטר הזרימה. שיבוש משטר הזרימה ומשטר הסעת הסחף גורם גם לשינוי הגאומורפולוגיה של אפיק הנחל (מופע, מבנה וצורה) ולשינויים במרקם ובמבנה של תשתית האפיק. יתרה מזאת, פעולות תחזוקה חוזרות ונשנות גורמות לדרדור נוסף של בית הגידול המימי, מעודדות התפשטות של מינים פולשים ומתפרצים ומביאות לאובדן שירותי המערכת האקולוגית. לאובדן שירותי המערכת האקולוגית השפעה ישירה גם על השדה החקלאי הסמוך לנחל. 

המדריך מחולק לשני פרקים. הפרק הראשון – שלבי העבודה – מתווה את ציר הזמן של פרויקט שיקום נחל במרחב חקלאי משלב הייזום וההתנעה דרך התכנון, הביצוע והניטור, ומציע מבנה חשיבה ועבודה המותאם לפרויקטים מסוג זה. הפרק השני – שיקום תפקודי הנחל – מציג סוגיות ליבה הנובעות מממשק נחל–חקלאות, ובהן ההשפעה של הסביבה החקלאית על תפקודי הנחל, ומציע מתווה לפעולות לשיפור הממשק והשגת ריבוי תועלות. 

המדריך מבוסס על הניסיון שנצבר בפרויקט ההדגמה 'שיקום מעלה נחל נהלל' בשנים 2021–2024. כל הפעולות המוצגות במדריך נוסו, תועדו ונוטרו במסגרת פרויקט זה. המידע המוגש במדריך זה מקורו בתובנות של צוותי העבודה, בחומרי התיעוד ובראיונות עם אנשי המקצוע – ד"ר רועי אגוזי, מרים בן שלום, ד"ר אורה משה, ד"ר דידי קפלן, ד"ר אלדד אלרון, פרופ' מרסלו שטרנברג, ד"ר יעל לאור, טל רטנר, רונן כפיר וד"ר מאו מצרפי.

כלל ההמלצות דורשות בחינה והתאמה לתנאים ולמאפיינים של השטח הספציפי המיועד לטיפול. מטרת המדריך היא לקדם חקלאות מניבה לצד נחל משוקם ומתפקד ויצירת תועלות הדדיות בין המרחבים, כך שגם הנחל וגם המרחב החקלאי ישגשגו.